洁净室技术需遵循下列三项原则之一：使洁净室保持比邻近房间更高的气压；在洁净区与较不洁净区的分界处应保持较高的排风风速；采用物理隔离的方式隔离不同的区域。

在确定洁净区划分原则时，首先需要确定保护对象。

1.保护生产过程（产品）不受人员和环境污染；

2.保护人员（环境）不受生产过程污染；

3.防止生产过程与人员（环境）相互污染，即要综合防护，1）和2）两项同时要采用；

如果要求采用隔离（屏障）工艺，即必须采用物理屏障密闭局部洁净区，这样就需要隔离： 

使生产过程与周围环境（人员）隔离；

使环境、人员与生产过程隔离；

洁净室技术被广泛应用于保护生产过程（产品），不受人员和环境污染。为此需遵循下列三项原则之一：

使洁净室保持比邻近房间更高的气压；

在洁净区与较不洁净区的分界处应保持较高的排风风速；

采用物理隔离的方式隔离不同的区域。

压差原则就是防止较不洁净区的气流向洁净区倒灌（例如通过门缝），即在洁净室内保持恒定的高压（５～２０Ｐａ）。其气流组织原则是低速气流由洁净室向着邻近区域并保持相对高的压差。受控参数就是压差。

排风原则就是形成低涡流或近似于单向气流，风速大于０。２米／秒，由较洁净区吹向较不洁净区，以防止气流倒灌。

在应用此种方式时，应考虑到障碍物，热源和污染物，排风格栅位置等的影响。此项原则的特点就是低压差，相对高的气流风速。运用此项原则的实例就是位于较低洁净度级别房间内的层流洁净区（单向气流区）。

区域的物理分隔原则就是建立隔离装置，对由较低洁净度的房间产生的污染形成不可逾越的屏障，不致进入较高洁净度的洁净室。

如果是具有有害物的生产过程（个别品种的致病微生物，强烈反应的化学制剂），则应保证该处的气压相对于环境是负压。

应予指出，建立负压的要求是与洁净室的工作原理相矛盾的，洁净室是基于正压差的。为了解决此项矛盾，便采用了另加的气闸室，在洁净室周围建立第二层密闭外壳（包括吊顶）使气闸室相对于邻近房间和有害作业具有高的正压。

为此，就可以采用隔离工艺，例如，在接触有毒制剂时采用具有负压得隔离装置。